เมื่อปี 2538 (ค.ศ. 1995) องค์การการค้าโลก
(World Trade Organization: WTO) ได้ถือกำเนิดขึ้นมาแทนที่
ความตกลงระหว่างประเทศว่าด้วยภาษีศุลกากรและการค้า
(General Agreement on Tariffs and Trade หรือ GATT 1947) ไทยซึ่งเป็นภาคีความตกลงแกตต์ตั้งแต่ปี 2525 (ค.ศ. 1982)
จึงเข้าเป็นสมาชิก WTO ในปี 2538 โดยอัตโนมัติ

 

ในช่วงที่การดำเนินงานยังอยู่ภายใต้ความตกลงแกตต์
ไทยมีสำนักงานพาณิชย์ไทย ณ นครเจนีวา เป็นหน่วยงานดูแล
รับผิดชอบในฐานะผู้แทนไทยซึ่งเป็นภาคีความตกลงแกตต์
หลังจากมีการจัดตั้ง WTO ขึ้น จึงได้มีการจัดตั้งสำนักงาน
คณะผู้แทนถาวรไทยประจำองค์การการค้าโลก ภายใต้สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงพาณิชย์ มีเอกอัครราชทูตเป็นหัวหน้าสำนักงาน และมีข้าราชการจากกระทรวงพาณิชย์ กระทรวงการต่างประเทศ และกระทรวงเกษตรและสหกรณ์มาประจำการ เพื่อปฏิบัติหน้าที่เป็นผู้แทนไทยใน  การประชุมคณะมนตรีและ คณะกรรมการภายใต้กรอบ WTO รวมถึงปฏิบัติงานด้านอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง

ต่อมา เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 2557 คณะรัฐมนตรีมีมติให้คณะผู้แทนถาวรไทยประจำองค์การการค้าโลกทำหน้าที่ประสานงานกับ องค์การทรัพย์สินทางปัญญาโลก (World Intellectual Property Organization: WIPO) และแต่งตั้งให้เอกอัครราชทูตผู้แทนถาวรไทยประจำองค์การการค้าโลกเป็นผู้แทนไทยใน WIPO เพื่อเข้าร่วมและแสดงบทบาทเรื่องทรัพย์สินทางปัญญาของไทยในเวทีระหว่างประเทศ